Původně zde stál nástroj Heinricha Mundta postavený v roce 1688. V roce 1756 byly tyto mimořádně cenné varhany přeneseny do kostela sv. Havla ve Štolmíři, kde se ve zdevastovaném stavu nachází dodnes. Nové varhany se dvěma manuály, pedálem a 19 rejstříky postavil v Sázavském klášteře neznámý varhanář roku 1756. Tento vzácný nástroj utrpěl několikeré poškození při úpravách a přestavbě v 1. polovině 20. století a byl v roce 2021 uveden do původní podoby při rekonstrukci varhanářem Rudolfem Valentou.