Na kůru barokního kostela z roku 1774 se nachází varhany v neorománské skříni z roku 1877. Jakkoli by se toto spojení zdálo nesourodé, proporce ploché varhanní skříně navazují na rytmiku rozevlátých oblouků jednolodního prostoru.
Kostel samotný zvenčí působí poměrně nenápadně, interiér je pak překvapením, protože všechny rovné plochy jsou rozčleněny pilastry a oblými výklenky, které ve spojení s plackovými klenbami nad lodí, presbytářem i předsíní s varhanním kůrem vytváří akusticky vynikající prostor. Kostel je dílem plodného architekta druhé poloviny 18. století Antona Schmidta. Jeho tvůrčí styl byl ovlivněn inspirací jeho generačním předchůdcem Kiliánem Ignácem Dientzenhoferem a kontextem pozdního období vlády Marie Terezie s vlivem jejího nástupce Josefa II. Do výčtu jeho realizací patří kostely ve Smržovce, v Řeporyjích, v Sobčicích, v Železném Brodě a dále celá řada realizací staveb či úprav klášterních budov a šlechtických sídel.
Pokud jde o varhany, tak původní barokní nástroj se nedochoval, protože byl nahrazen nástrojem novějším. Šlo o devítirejstříkový nástroj postavený v roce 1762 ještě pro původní románský kostel. Ten se dočkal přenesení na kůr nového kostela. Jeho stavitelem byl nejspíš pražský varhanář Johann Ferdinand Schwabel. Při instalaci současných varhan byl přenesen do Kostomlat. Tam dosloužil v roce 1897, přičemž se nedochovala ani skříň. Přibližnou představu, jak mohl vypadat, si můžeme vytvořit podle skříně varhan v Zásmukách: varhany.net Současný černoučecký nástroj vznikl v době, kdy klasické varhanářství ctící systém mechanické traktury a zásuvkových vzdušnic dospělo ke svému završení.
Jde o dílo Karla Antona Eisenhuta. Ten byl synem litoměřického klavírníka Filipa Eisenhuta, pocházejícího z dolnorakouského Poysdorfu, kde se toto jméno podnes vyskytuje. Filip se v Litoměřicích oženil, usadil a v roce 1881 tam zemřel. Cesty jeho syna byly spletitější. Varhanařině se vyučil v Londýně, kde dle svých slov pracoval jedenalet u největší firmy (William Hill?), oženil se, narodil se mu stejnojmenný syn a ovdověl. Po roce 1873 již působí v Čechách. Eisenhut byl svědkem toho, jak se rukodělná výroba varhan mění v průmyslovou, tomuto trendu se ale zcela nepodřídil. Po začátcích v Litoměřicích převzal v roce 1876 pražskou manufakturu Karla Vocelky, který kromě podobného metalurgického jména vynikal podobným názorem na řemeslo. Zemřel v roce 1888**, zanechav** nezletilého syna, který se věnoval jen menším zakázkám**, a ke** zhruba padesáti novým varhanám svého otce žádné další nepřidal. Na věhlas firmy navázal spíše Eisenhutův odchovanec Emanuel Štěpán Petr, to už je ale úplně jiné, tovární řemeslo.
Černoučecké varhany Eisenhut postavil ještě částečně dle plánů Karla Vocelky. Je to patrné z tvarosloví varhanní skříně a kovového píšťalového fondu. Provedení vzdušnic, dřevěných píšťal, měchu a hracího stolu je již Eisenhutovo. Zvuk je navzdory přítomnosti nepůvodních píšťal na prospektu kompaktní a ušlechtilý. Pro ladění byla při nedávném restaurování použita temperatura I. Thomase Younga.
Generální opravu varhan dokončil v roce 2025 varhanář Ivan Bok.
— Zdroj: Ivan Bok
KK
SOUČASNÁ DISPOZICE VARHAN
Manuál (C–f3)
Principal 8‘ (nepůvodní zinek na prospektu 25 píšťal, dále cín uvnitř), Salicional 8‘ (velká oktáva společná s Bf8‘),
Bordonflöte 8‘, Octava 4‘, Flauta 4‘,Superoctava 2‘, Mixtur 2‘ 3fach (C:2‘+22/3‘+1‘, c1:4‘+22/3‘+2‘)
Pedál (C–c1)
Subbass 16‘, Octavbass 8‘